Несиндромная, или орофациальная, расщелина верхней губы и/или неба является следствием нарушения эмбриогенеза (несращения носового отростка и/или небных выступов). Несиндромные ВРГН включают в себя две самостоятельные патологии: ВРГН и ВРН. При ВРГН некоторые локусы на хромосомах были идентифицированы, и в одном случае найден специфический ген. При изолированных расщелинах неба также один ген был идентифицирован, но, вероятно, в формирование порока вовлечено значительно большее количество генов.